Revisa el charset de tus base de datos y tablas (en Mysql le llaman "collation" si mal no recuerdo).
También el que tus páginas HTML generas (cabeceras META) ...
Y como tu servidor HTTP usa su "charset" por defecto (para el caso de que tu no lo indiques).
Todas deben usar un ISO-8859-1 (latin1)
Algo de referencia sobre el tema:
http://www.w3.org/International/O-HTTP-charset
Un saludo,