No entendí cuando hablas de "sistemas" ..
Especifica mejor:
Dices tener en cierto PC una BBDD Access .. por otro lado ¿tienes un servidor X con Msyql? (tal vez en un servicio de hosting? .. o es otro PC de una LAN o es el mismo PC que tiene access? ...
Bueno .. en cualquier caso .. existen GUI's para migrar datos (si el modelo de datos se corresponde) entre fuente ODBC (tu Access) y una BBDD Mysql .. por ejemplo:
Mysql Front End
http://www.mysqlfront.de/
Pero realmente no dejas claro si como tienes que conectar ambos sistemas (BBDD) .. no defines si desde tu aplicación en tu servidor remoto (con Mysql) has de acceder a tu Access directamente? o sólo tienes que replicar tu BBDD Access en Msyql .. o que exactamente. Define todo esto con mayor claridad.
Un saludo,