Pasas el archivo flash a .exe que creo que es posible, luego dentro del CD creas un archivo llamado autorun.inf con el siguiente contenido:
[autorun]
label="Mi CD de Flash"
open="flash.exe"
icon="icono.ico"
Ahí como puedes ver llamamos al archivo exe que has creado, en este caso lo he llamado flash.exe por ejemplo, incluso puedes poner un icono al CD (icono.ico)
Se supone que todos estos archivos están en la carpeta raiz del CD, si los metes en subcarpetas tienes que añadirlas a la ruta que hay ahí escrita.