Mira, lo del javascript te sirve para redireccionar al usuario hacia una página u otra. En este caso deberías diseñar dos sitios, uno para 800*600 y otro para 1024*768.
Lo ideal sería diseñar el sitio de tal manera que se vea bien en ambas resoluciones. Una solución podría ser que justo debajo del tag <body> cloqués el tag <div align="center"> y justo antes de </body> coloques </div>.
O sea que el código HTML debería quedarte parecido a esto:
<body>
<div align="center">
...todo el codigo que hace al diseño de tu sitio...
</div>
</body>
Prueba y me cuentas como quedó.