Que yo sepa .. javascript se ejecuta en el navegador y no en el servidor .. asi q cualquier evento del navegador (ejemplo . .ejecutar una funcion en el mismo) .. deberia ser enviada al servidor por algun metodo GET, POST
* Si lo pasas en un formulario (ejemplo .. cuando tienes q enviar esa y otras variables desde un formulario) usa un campo hidden:
<input type="hidden" name="variablephp" value="javascript
: funcion();">
y en la pagina q lo recoja sera $variablephp ($_POS o $GET['variablephp'] ...)
* Si lo haces por el URL ..
<a href="lapaginaphp.php?valor_js=javascript
: funcion();">el link</a>
Mas o menos esa seria la tecnica que propongo ..
Si hay otro metodo .. soy todo

para aprenderlo ;)
Un saludo,