baja la versión de evaluación de SWF Encrypt de:
www.amayeta.com y una vez que hayas verificado que funciona bien, tal vez decidas comprarlo, creo que es el mejor encriptador de AS.
La ventaja es que este programa lo encripta bien y tus swf funcionan de lo más normal.
Con los ofuscadores gratuitos, hay que invertir tiempo adcional para verificar que no haya estropeado tus swf en lugar de encriptarlos.
un ejemplo de archivo encriptado en:
http://rod524864.tripod.com/colorpicker.zip
saludos.