Realmente para cobrar un trabajo tanto de diseño Web como de programación siempre existe la duda de cuanto es lo correcto que se debe cobrar. Existe un libro llamado Ingenieria de Software. El Autor es Pressman, creo que la editorial es Prentice Hall. En una parte del libro trata sobre la manera de calcular el cobro de un proyecto, creo que te sería muy útil...
Saludos