pues crea dos funciones, un para abrir cada pagina
function ventana1(aaa)
{
window.open("pagina.jsp?va="+aaa+","prueba1", "width=385,height=180");
}
function ventana2(bb){
window.open("pagina1.jsp?va="+aa+","prueba2","widt h=385,height=180");
}
<a href="javascript
:ventana1('parametro1');ventana2(' parametro2')">