Cita: Te recomiendo que hagas esta pregunta en el foro de Javascript.
No, ¿por qué?

...
Cita: hay alguna funcion que sirva para eliminar los saltos de linea de un archivo .js
No tal cuál, pero lograr quitar los saltos de línea debería ser relativamente fácil:
- Leer el contenido del archivo
- Eliminar dichos saltos de línea (\n)
- Reescribir el fichero
...

yo me iría por utilizar file_get_contents() y str_replace() para hacer la eliminación, para la reescritura lo usual: fopen(), fwrite(), fclose().
www.php.net/ref.filesystem
Suerte!