Prueba a abrir la consola de comandos, y teclea lo siguiente:
cat ~/.bash_history
Esto te mostrará el historial de comandos tecleados con esa cuenta de usuario. Simplemente, borra ese archivo de la siguiente manera:
rm ~/.bash_history
De todas maneras, creo que es posible configurarlo para que simplemente no guarde los comandos, o guarde sólo una cantidad en concreto, pero ahora mismo no lo recuerdo. De todas maneras, ahora que sabes cuál es el nombre del archivo que guarda esa lista de comandos, te será más fácil encontrar la información necesaria en Google o similares.
