El "problema" de trabajar con un IDE como NetBeans es que nos acostumbramos a que nos lo dé casi todo hecho , en cuanto a paquetes y a classpath.
De todas formas , si trabajas con netBeans hay un "truco" , el Netbeans genera un fichero war de el proyecto jsp o de servlets en el directorio dist de el proyecto (Para windows : C:\Documents and Settings\Usuario\JDBC\dist\proyecto.war ) .
Si coges ese fichero de extensión war y lo pones en el directorio webapps ( para windows seguramente el path seria : C:\Archivos de programa\Apache Software Foundation\Tomcat 5.0\webapps\ ) de el Tomcat , este lo desempaquetará y lo pondrá a trabajar ...
http://club.idecnet.com/~ccastano/femepa/161205.htm