Voy a probar pero creeria que lo estoy seteando cuando pongo:
<property name="hibernate.c3p0.min_size">5</property>
<property name="hibernate.c3p0.max_size">20</property>
Que entiendo que es tamanio minimo y maximo del pool. Lo raro es que funciona bien, hasta que por el timeout se cierran las conexiones que maneja el pool. En cuyo caso abre otra si no que tira una excepcion como decia. Recien la vuelve a crear cuando intento acceder de vuelta.
No se si habra que setear algun otra configuracion. Pero me suena raro por me parece logico que el comportamiento por defecto sea que si la conexion que intenta utilizar esta cerrada abra otra y no que tire la excepcion.