Hola,
Lo primero decir que NO es necesario o imprescindible empaquetar tus proyectos en un .war para ponerlos en un servidor web. Se hace por comodidad de distribución (copiar un solo fichero) pero hay mucha gente que no lo hace, yo mismo por ejemplo, ya que con ficheros individuales puedes controlar que ficheros cambias y cuales no.
Un .war es un fichero comprimido con .zip que sigue una estructura especial, asi que básicamente lo puedes construir con cualquier herramienta que genere ficheros .zip. Por ejemplo, la utilidad "jar" que viene con el JDK. Básicamente es crear un fichero .zip pero con extension .war del directorio que normalmente colocas en webapps.
A lo mejor el JCreator trae una utilidad para hacerlo, pero no lo se por que no lo uso. Otros IDEs vienen con opciones para crearte los wars automaticamente de tus proyectos.
Aqui una referencia:
http://en.wikipedia.org/wiki/WAR_(file_format)