Yo lo uso y nunca he tenido problemas ni conflicos con los swf...

Santiago, no te faltará tener instalado el Flash Player, para ver los swf en su reproductor independiente en lugar de usar el IE ???
EL programa es verdaderamente simple, no creo que necesite un tutorial...
En imput video colocas el flv
En Output directory seleccionas la carpeta donde va a quedar el archivo convertido.
Y en destination video file escribes el nombre de archivo que se va a crear con la extensión .mpg, por ejemplo "mi_archivo_.mpg"
Y seleccionas alguas de las opciones que trae en Preset... Luego le das en FLV Encode y listo...
Debo decir que depende mucho del tipo de swf el que la conversión tenga exito, si fuera un flv dentro de un swf no funciona.
Prueba pues, es la mejor manera de aprender a manejar un programa.