Si quieres escribir javascript desde código lo puedes hacer usando un strinBuilder para mayor rapidez y con el RegisterStartupScript
Ejemplo:
Cita: System.Text.StringBuilder sb = new System.Text.StringBuilder();
sb.Append("<script language=Javascript>\n");
sb.Append("function x() { \n");
sb.Append("....");
sb.Append("</script>");
Page.RegisterStartupScript("script",sb.ToString()) ;
Espero que sea lo que necesitas.
Salu2