Deberías mostrar el código que usas.
En condiciones normales en tu BBDD deberías almacenar sólo:
$_FILES['nombre_de_tu_campo_file']['name']
(el resultado de .. no la variable)
Eso te dá el nombre del archivo que subistes (su nombre original sin ruta original .. eso se descarta).
Depende de donde "dejes" tu archivo .. así tendrás que componer tu ruta de descarga con la ruta+el nombre del archivo que es lo que almacenas en tu BDDD.
Por ejemplo .. algo simple:
<a href="http://www.nose.tal/archivos/<? echo $row['archivo'] ?>">descargar</a>
Tampoco sé si gestionas la descarga por un scritp PHP (con cabeceras HTTP y demás .. ). Por eso es tan necesario que muestres tu -código- para ver por donde puede andar tu problema concreto.
Un saludo,