Hola,
Si se trata de un servidor Linux, algunos proveedores no permiten descomprimir archivos .zip pues en algunas condiciones particulares, unzip podría ser usado para sobreescribir archivos de sistema (como /etc/shadow). Si bien es necesario hacer un buffer overflow para esto, es posible.
Mejor usar el formato .tar o .gz para agrupar/comprimir archivos.
Si necesitas hacerlo desde Windows, tienes la aplicación 7zip:
www.7-zip.org
Saludos,
Jaime