Asi es como lo tengo ahora, el problema esta en:
Cita: // ordenamos procesar los ficheros
List fileItems = fu.parseRequest(req);
ya que con parseRequest hasta que no tiene todos los ficheros subidos en el servidor no sigue a la siguiente línea, y a mi me gustaría que una vez que recibiera el primer fichero empezara a procesarlo, sin esperar a que llegasen los siguientes.