Hola idp.
La mayoría de las 'diferencias ente IE y FF' son consecuencia del boicot de Microsoft a los estándares del W3C.
¿Por qué? por qué los estándares como css son libres , abiertos, gratuitos, multiplataforma...
Ese tipo de cosas a microsoft no le gustan.
Puedes intentar minimizar el problema, pero no podrás solucionarlo.
Lo de los 2 archivos es una opción. Tambien aplicables al html.
Hacer dos sitios es el doble de trabajo, pero te permitirá obtener unos magnificos resultados.
Consultar de vez en cuando este sitio te ahorrará tiempo y dolores de cabeza.
http://www.webdevout.net/browser_support.php