Creo que si es Debian Sarge habría que reconfigurar XFree86 y no X.org, pues no está, con lo que quedaría:
# dpkg-reconfigure xserver-xf86
o
# dpkg-reconfigure xf86-xserver
Y lo del comando "xprop -root | grep XKB" pienso que hay que ejecutarlo con las X activas. De todos modos te recomiendo actualizar a Debian Etch (testing) pues lleva Xorg (bastante más reciente que Xfree) y por lo que he probado es tan estable y seguro como Sarge.