Cuando muestres un link o lo uses .. usa la función:
url_encode()
www.php.net/url_encode
Por ejemplo:
$url="http://www.nosedonde.tal/nose tal.php";
<a href="<? echo url_encode($url) ?>">link</a>
Lo más probable es que con algúna regla de re-escritura del URL (mod_rewrite) en un .htacces puedas hacer eso tal vez de forma más transparente .. (consulta en el foro de Servidores web -> Apache).
Un saludo,