El error suele subsanarse si demultiplexas y vuelves a multiplexar el vídeo antes de meterlo al TDA. Así te dará otro error, que es ignorable y no suele dar problemas...
Para hacer lo de multiplexar y demultiplexar, tienes el tmpgenc plus, en el menú File -> MPEG Tools. Primero "simple demultiplex" para separar vídeo y audio, y luego "simple multiplex" para volver a unirlos.
Saludos
