Como "parche" podrías añadir al principio de todos los scritps que componen esa aplicación (bajo un "include()" o como gustes)
extract()
http://www.php.net/manual/es/function.extract.php
Por ejemplo:
extract($_REQUEST);
Uso "$_REQUEST" por qué dicho array contiene lo que venga de $_POST, $_GET y $_COOKIE (esto último algo "peligroso" .. Pero si esa aplicación usa acceso global a variables .. supongo que lo hará para todo?)
Pero lo más sano es que te dés el trabajo de cambiar las referencias directas ("globales") de esas variables por sus respectivos métodos por donde se reciben: $_POST, $_GET .. etc.
Y .. OJO! si usa cookies o sesiones ese sistema .. lo más probable es que esté también desfasado el código y use cookies por acceso directo $nombre_cookie o bien si usa sesiones haga uso de "session_register()". Si es así .. o adaptas el código -si o sí- o bien busca otra aplicación más actualizada su código. (y de paso avisa al programador de esa aplicación para que actualice su código).
Un saludo,