Hola:
Aunque no me llegué a enterar bien de lo que quieres, supongo que quieres que te sirva en javascript el nombre "archivos[]", y teóricamente no deberías tener problemas en un array de checkboxes, pero debes referenciarlo con corchetes...
cantidad = document.forms[0]["archivos[]"].length;
...
if(document.forms[0]["archivos[]"][i].checked == true) {...
Dime si te sirve...
Saludos
