Bueno, si ahora tienes los dos sistemas operativos es que no reformateaste, sino que realizaste una instalación secundaria del windows. (nota: es una aclaración bien intencionada, no se lo tomen a mal
)
Supongo que el nuevo lo has instalado en una carpeta diferente. Entonces puedes borrar la carpeta que corresponda al sistema operativo anterior (C:\windows seguramente) y editar el archivo boot.ini para que windows arranque directamente sin pedirte que elijas uno de los sistemas operativos.
Evidentemente aún quedarán restos del otro sistema o de instalaciones y configuraciones antiguas en carpetas como Archivos de Programa y Documents & Settings. Pero lo que ocupa más, probablemente es la carpeta Windows.
Pero debes estar seguro de la carpeta que es ya que si no te tocaría empezar otra vez desde el principio.