Llevo años usando Linux y compilar no ha sido un gran problema, ya que casi siempre existen versiones binarias para mi distro. En (casi) todos los otros casos, me ha bastado con "configure, make, make install".
Cada programa es un mundo aparte. El procedimiento para compilar tiene infinitas variables. La única forma de realizar bien el proceso es leer toda la documentación asociada al programa (archivos README, INSTALL, etc.).
Lee
http://www.wikinix.org/index.php?tit...en_Linux-HowTo