Una buena forma de empezar a entender el tema es ... leer sobre el tema!
El Consorcio World Wide Web (W3C) es quién define los estándares web para evitar justamente este tipo de problemas, las incompatibilidades. Actualmente a aumentado el nivel de respeto hacia los estándares web que permiten que si sigues las reglas al pié de la letra, se verán bien en cualquier navegador.
No uses productos que no lo respecten, y lee sobre estándares.
Te paso unos enlaces para leer:
"¡Mi sitio Web es estándar! ¿Y el tuyo?"
http://enriqueplace.blogspot.com/200...y-el-tuyo.html
"Porqué diseñar con tablas es estúpido"
http://www.effectivetranslations.com/stupidtables/