Finalmente asi quedó la solución
Saludetes!!
Código PHP:
DiskFileUpload fu = new DiskFileUpload();
List fileItems = fu.parseRequest(request);
// maximo numero de bytes
fu.setSizeMax(1024*512); // 512 K
// tamaño por encima del cual los ficheros son escritos directamente en disco
fu.setSizeThreshold(4096);
// directorio en el que se escribirán los ficheros con tamaño superior al soportado en memoria
//fu.setRepositoryPath("C:\\tomcat\\apache-tomcat-5.5.12\\webapps\\ROOT\\seguimiento\\archivos");7
fu.setRepositoryPath("/opt/jakarta-tomcat-4.1.29/webapps/list/pdfs/");
if(fileItems == null){
out.println("La lista es nula");
}else{
//out.println("El número de ficheros subidos es: " + fileItems.size());
Iterator i = fileItems.iterator();
FileItem actual = null;
while (i.hasNext())
{
actual = (FileItem)i.next();
String fileName = actual.getName();
out.println("<br> Haz subido el Archivo" + fileName);
// construimos un objeto file para recuperar el trayecto completo
File fichero = new File("/opt/jakarta-tomcat-4.1.29/webapps/list/pdfs/" + fileName);
//out.println("El nombre del fichero es " + fichero.getName());
// nos quedamos solo con el nombre y descartamos el path
fichero = new File("/opt/jakarta-tomcat-4.1.29/webapps/list/pdfs/" + fichero.getName());
//out.println("El fichero se ha subido: " + fichero.getName());
// escribimos el fichero colgando del nuevo path
out.println("CONTENIDO: " + actual.getContentType());
//out.println("FICHERO: " + fichero.getAbsolutePath());
actual.write(fichero);
out.println("El archivo se ha escrito en disco: " + fichero.getName());
}
}
%>