Debes de aplicar el Service Pack1 al Servidor w2003.... todo apunta a eso
Revisa esto
http://ask.support.microsoft.com/kb/824721
Lo que sucede es que el proceso inetinfo.exe llega a consumir el 100% de la CPU y es por eso que el IIS se cae..... esto sucede porque las ultimas actualizaciones no estan aplicadas en el server o bien, el servidor se infecto con el virus codigo rojo.... en tu caso, creo que falta que apliques el sp1