Hola primero que nada para abrir el archivo y escribirlo no necesitas borrarlo antes, cuando lo abres con > PERL elimina todo el contenido automáticamente...
Ahora bien, siempre, SIEMPRE que abras un archivo debes lockearlo, o sea decir si lo usarás para escribirlo (así nadie más lo lee) o solo lo usarás para leerlo ( con lo cual otros procesos pueden también leerlo, pero no escribirlo)
Un ejemplo...
open(FILE,">file.txt");
flock(FILE,2); #LO LOCKAMOS PARA ESCRIBIR, NADIE PODRÁ USARLO
print FILE "hey";
close FILE;
Más info
http://www.forosdelweb.com/showpost....7&postcount=11
Espero que te sirva
Saludos