Lo ideal es recompilar Apache desde WHM -- Apache Update (ten cuidado si no sabes lo que haces aqui, debes elegir las opciones normales, GD, Zlib, Magic Quotes, Mysql, etc), y debes indicar el "safe mode" activado.
Luego desde el directorio del usuario que deseas tenerlo desactivado agregas lo siguiente en un .htaccess:
php_flag safe_mode off
Este post te puede ser de ayuda en el futuro respecto a opciones del php:
http://webhostingtalk.com/showthread.php?t=421482
Saludos.