Me suena a que te falta el paquete "php-mysql", me sucedio el mismo error la semana pasada en un server hasta que descubrí que faltaba ese paquete, yo lo arreglé con un simple "up2date --install php-mysql"
Escribe "rpm -qa | grep "php-mysql" y si no ves nada, es porque te falta dicho paquete, instálalo y listo
Saludos.