Bueno, lo que yo he terminado haciendo (y lo comenté en mi artículo) es un "configuración.php" que es incluido por todos los archivos del sistema, y luego usas "constantes" para hacer referencias a los lugares que quieres acceder.
En una parte te encontrarás con "el huevo y la gallina" para resolver como incluir el "configuracion.php" y no volver a tener que decidir qué es más conveniente, si "harcoded" o si "relativo".
Usas una llamada al servidor solicitando el "document root" de tu sistema.
Si hubieras leído el artículo, lo hubieras entendido