Eso lo discutía en el siguiente tema en este foro:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...ighlight=capas
Lo cual me llevó a escribir el siguiente "post" en mi "blog", como resumen final:
"PHP5: Diseño en 3 capas y problemas con subdirectorios"
http://phpcinco.blogspot.com/2006/04...lemas-con.html
Por ejemplo:
"Si lo solucionamos con "referencias absolutas", nuestro sistema queda "hardcoded" y dificultamos el cambio de lugar físico a nuestra aplicación. Si intentamos hacer todas "referencias relativas", como dice su palabra, dependerán de donde son invocadas estas referencias para que funciones o no (por eso son "relativas")."