Olvida el htaccess. Pude ver que ese archivo no existe dentro del directorio Administrator ni subdirectorios de éste. Estuve haciendo pruebas eliminando la carpeta Administrator, te cuento que al re-copiar la carpeta original (La que viene en el paquete) todo funciona perfecto incluyendo la configuración global (Uso la
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Mi conclusión es que si ya habías subido la carpeta no debería darte problemas. Intenta borrando las cookies de tu navegador e ingresa de nuevo. Si eso no te funciona renombra la actual carpeta Administrator y sube otra nuevamente desde tu disco duro. Eso debería solucionar el problema. De lo contrario no tengo ni idea de qué puede ser (A menos que hayas movido otra cosa y no lo recuerdes actualmente).
Saludos.