Hola:
Puedo ayudarte en la primera parte, y te sugiero que pongas títulos más descriptivos.
Una ventana se comunica con la que la abrió con el objeto opener.
Entonces si defines una función ponEmoticon(cual)... siendo cual por ejemplo un número... puedes poner esto:
opener.ponEmoticon(1);
Lo otro no lo manejo (bueno hablo de flash)... pero puedes usar una capa "flotante" con position: absolute... pero no sé como interactua flash con html
Saludos