El .htaccess tiene la información encriptada de los usuarios que pueden ingresar y ejecutar los archivos de esa carpeta. Me imagino que si lo volaste podría ser la causa del error.
Cita: Necesito saber como hacer que funcione la parte de configuración
Lamentablemente eso es muy difícil de responder por acá.
¿Borraste la carpeta desde el FTP o desde el panel? Porque si lo hiciste desde el panel de tu host lo más seguro es que aún permanezca en la papelera de reciclaje de tu servidor.
Saludos.