Probablemente no tienes la misma versión de kernel que de kernel-headers y por eso el compilador no encuentra la ruta correcta.
Para conocer la versión del kernel:
$ uname -r o
$ uname -a
para instalar la version de headers correcta, de acuerdo al kernel que estás ejecutando en ese momento:
$ sudo aptitude install linux-headers-$(uname -r)
Para saber la ruta correcta de los headers:
$ whereis linux-headers
En mi caso (tengo Kubuntu breeezy badger) mi versión de kernel es la 2.6.12.10-686 y la ruta a mis headers es /usr/src/linux-headers-2.6.12-10-686.
(Nota: si actualizaste mediante synaptic y utilizaste el metapaquete "linux-image", synaptic te crea enlaces simbólicos automáticamente)
Creo que tu caso es este por estas lineas del log que posteas:
Cita: -> Performing CC test with CC="gcc-3.4".
-> Kernel source path: '/usr/src/linux'
-> Kernel output path: '/usr/src/linux'
...
...
WARNING: Symbol version dump /usr/src/linux-headers-2.6.12-9/Module.symver
s
is missing; modules will have no dependencies and modversions.
Saludos