Hola Tattojk.
Creo que el problema lo tienes en el onclick.
Si te fijas dentro las variables $CodigoCo y $ConsecCo que pones en el onclick estan dentro de las dobles comillas del echo " ... ". Eso motiva que el Php al Html pasa $CodigoCo y $ConsecCo y NO PASA el valor de cada una. En consecuencia al no existir definidas esas variables en JavaScript pues te da el error.
Podrías probar poniendo el onclick de la siguiente forma:
echo "<tr>
<td><font color='#59FF59' size='1' face='Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif'>
<a href='RecCor_Ext_CDI.php' onClick='nueva_ventana(screen.width,screen.height, 1,".$CodigoCo.",".$ConsecCo)'>".$CodigoCo."-".$ConsecCo."</a></font></td>
</tr>";
Saludos y espero que te ayude.