Porque no ocupas un web setup project..?? con ese setup puedes personalizar todo lo que quieras, paginas de inicio, readme, registro en windows, "crear directorios virtuales", etc..etc..,es muy sencillo de hacerlo... te paso una referencia...
http://www.codeproject.com/useritems...I_WebSetup.asp
Salu2 y cualquier cosa nos avisas..