Podrías poner un código para saber cual es el error:
Código PHP:
<?
...
$consulta2 = "SELECT categoria FROM registros_cat WHERE categoria NOT IN ($consulta1)";
$resultado = mysql_query($consulta2) or die(mysql_error());
...
?>
Asi tendría que imprimir en pantalla cual es el error en la consulta. Cuando sepas cual es el error lo posteas aca y vemos. También ayudaria saber como quedó tu script.
Saludos.