Primero verificar cual es el archivo que lee tu php, para esto creo un .php con lo siguiente
Código PHP:
<?php
phpinfo();
?>
por ahi viene:
Configuration File (php.ini) Path, este es el archivo que deberas editar si en realidad es /etc/php.ini, entonces la configuracion se esta cambiando en otro lado, puede ser en el archivo de configuracion de apache o en tu propio script de php.