Hola antoniob2, bienvenido a los foros:
Si el script de escribir lo ejecutas al cargarse la página no se habrá escrito por acción del area... y si lo ejecutas al pinchar con document.write se suele "machacar" el contenido de la página.
Creo que lo mejor es que tan solo cambies el estilo de la altura del iframe...
document.getElementById("mapa").style.height = "460px";
Saludos
