No sería más facil que movieras tu aplicación al directorio padre?
Si de todos modos deseas hacer lo que dices, entonces te puede servir:
Código:
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^.*$ - [S=1]
RewriteRule ^(.*)$ aplicacion/$1 [QSA,L]
</IfModule>
Saludos