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[RicaJ0625]

Si la ventanas que estas abriendo es con alert, esta jamas se cerrara sola.

Esta solamente se cierra con intervencion del usuario. Si necesitas hacer algo cuando es valido no muestre esta ventana, solamente procesa.

Si te refieres a otra ventana (window.open) o algo asi te podria indicar.

Pero en el codigo no veo donde abres la ventana. Necesitarias mas información para decirte como cerrarla. Si es una ventana abiera con window.open debes de usar el window.close(), Si es una ventana creada con un div debes de esconder el div, etc.