pos así:
<script type="text/javascript" src="archivo1.js"></script>
<script type="text/javascript" src="archivo2.js"></script>
y luego en el enlace....
<a href="pagina" onclick="javascript
:nombredelafuncion()"></a>
en los archivos js tenés que tener el código dentro de funciones, es decir:
function nombredelafuncion1() {
código
}
y en el otro
function nombredelafuncion2() {
código
}
espero que hayas entendido ahora.
Saludos.