Es poco común lo que te ha pasado. Me arriesgaría a decir que has perdido tu información.
Por los errores que te han dado estos programas, es probable que se hayan roto clusters en tu disco rígido y que esos clústers hayan sido de alguna parte importante del sistema de archivos.
Te recomendaría que hiciese un imagen física del disco (vas a necesitar otro disco del mismo tamaño, sano), esto lo puedes hacer con el programita "dd".
Luego borra todas las particiones y vuelve a crearlas. Si con eso Windows vuelve a reconenocerte la partición, entonces vuelves a copiar la info del otro disco hacia el tuyo, esto lo haces de nuevo con el programita "dd".
dd <-- link de descarga.