fgetcsv saca linea por linea del archivo, si cuentas hasta la linea 10 para comenzar sacar los datos y obtienes del array el dato $data[2] (si es que el array comienza en 1 o data[1] si comienza en 0), estarás en la linea B10. Es decir, dejas pasar las primeras 9 lineas y nunca lees la primera posicion del array.
Ejemplo, suponiendo que el array comienza en 0 siendo esta la columna A.
Código PHP:
<?php
$fp = fopen("puntuacion.csv","r");
$i=1;
while ($data = fgetcsv($fp, 10000, ";"))
{
if($i>=10)
{
$insertar="INSERT INTO carreras (id_any, id_cursa, fecha, posicion, tiempo, dorsal, nombres, apellidos, any_nac, club, categoria, poblacion, licencia)
VALUES ('$var_any', '$var_carreras', '$data[1]', '$data[2]', '$data[3]', '$data[4]', '$data[5]', '$data[6]', '$data[7]', '$data[8]', '$data[9]', '$data[10]', '$data[11]')";
}
$i++;
} //fin while
fclose ($fp);
?>