Lo que he visto normalmente es que se genera una direccion url la cual tiene parametros que serán leidos en el script al cual apunta dicho enlace, asi:
http://www.ejemplo.com/activar.php?p...¶m2=valor2
Este link puede ir en un archivo html. Cuando el usuario hace click en él se llama al script de activación que tienes en tu servidor en el recibes los parametros indicados en la url, los cuales procesas para dar de alta.