A ver, solo te borra uno por como recoges los valores, para recoger el arreglo deberias usar la sentencia
foreach, revisa el siguiente topic:
http://www.forosdelweb.com/f13/checkboxes-php-javascript-323861/
tenia un problema + o - parecido, y alli lo solucione, miralo, estudialo, y si sigues con dudas pregunta de nuevo.
Saludos.
P.D.:Cuidado con el Titulo de los mensajes, revisa el siguiente
enlace